目前，潔凈車間技術(shù)已應(yīng)用于許多行業(yè)，尤其是在醫(yī)院，制藥廠，醫(yī)療設(shè)備，檢驗檢疫，食品加工和實驗動物中，都有大量的新建和改建潔凈工程。由于市場的需要，大量的非專業(yè)人員進入到這個行業(yè)。許多工程技術(shù)人員由于對各個行業(yè)的特殊性和自身的施工能力缺少細致的了解，在設(shè)計中不可避免地存在許多缺陷。
1.設(shè)計人員知識結(jié)構(gòu)缺陷
潔凈車間設(shè)計人員不僅應(yīng)該對自己所選用的設(shè)備有全面的了解，還應(yīng)該對所有能對系統(tǒng)泄漏量產(chǎn)生影響的因素，潔凈車間中，包括施工單位的施工水平有所了解，對送風適當?shù)亓粲幸欢ǖ脑O(shè)計余量是非常必要的。
2.回風系統(tǒng)中的問題
在壓力控制方面，回風系統(tǒng)的設(shè)計很重要，特別是回風口的計算。要合理的布置回風口，應(yīng)全面的考慮凈化系統(tǒng)的綜合性能?；仫L系統(tǒng)的設(shè)置不單要把回風引回循環(huán)機組，還要參與系統(tǒng)壓力的控制。潔凈車間設(shè)計中突出的問題是片面強調(diào)房間內(nèi)的氣流分布均勻，從而盲目的增加回風口的數(shù)量，大量使用相同尺寸的回風口，而不考慮采取相應(yīng)控制措施。由于回風口面積的增大，無形中增加了回風量的控制難度，易導(dǎo)致正壓無法形成。
3.排風系統(tǒng)中的問題
設(shè)置排風系統(tǒng)的目的大致可以分成兩種:一是要滿足工藝要求，排出變質(zhì)的氣體(如高含塵及有機物、高溫高濕氣體);二是要滿足系統(tǒng)要求，即補充新風。排風量的計算是一個比較復(fù)雜的過程，把它簡單化了就不會達到預(yù)期的效果。在實際工作中往往最容易忽略的就是系統(tǒng)中還存在泄漏量問題，負壓系統(tǒng)特別是在一些施工質(zhì)量較差的工程上這個問題尤為突出。
排風系統(tǒng)的潔凈車間設(shè)計應(yīng)該側(cè)重于它的合理性。滿足工藝要求的排風，排風位置的選擇很重要，要科學設(shè)置排泄點，有效減少排風風量是排風系統(tǒng)設(shè)計的宗旨。滿足新風量的要求主要是通過在系統(tǒng)中加一些排風實現(xiàn);但不能一概而論，當建筑物和通風系統(tǒng)的泄漏量足夠大時，再設(shè)置排風就是多余的了，在設(shè)計時要對這方面有細致的了解。
負壓潔凈車間系統(tǒng)排風在計算排風量時最容易忽略的是建筑物的泄漏量，同時潔凈車間中，排風系統(tǒng)的阻力也是不可忽視的因素，不能只計算排風的風量而不考慮風機壓頭的選擇。
4.潔凈車間的新風系統(tǒng)中的問題
計算新風量時不能忽略整個系統(tǒng)的泄漏量問題，理論計算值和實際測定值的差別有時相差很懸殊，這和工程的各個環(huán)節(jié)有關(guān)。現(xiàn)在許多工程都大量使用集中新風系統(tǒng)，一個新風機組要供應(yīng)幾個甚至十幾個循環(huán)機組的新風，如果每個循環(huán)系統(tǒng)都有風量選用誤差，那新風機組在風量選用上的誤差就會相當大。另外，有些工程在新風口和新風管道的設(shè)計上尺寸偏小;有些業(yè)主限制了建筑物上開洞的尺寸，這樣在設(shè)計時要采取補救措施，不應(yīng)在發(fā)現(xiàn)新風量不足時再想辦法解決。
5.嚴格驗收
工程驗收是潔凈車間建造的一個必要環(huán)節(jié)，在凈化工程設(shè)計時就應(yīng)該考慮到。要合理的設(shè)置檢測孔，不要認為有了就行。檢測孔的位置和相應(yīng)的留有足夠長的穩(wěn)定段是關(guān)鍵所在。